Um die biologische Vielfalt von Pflanzen und Tieren zu erhalten und wiederherzustellen sowie ein Aussterben von zahlreichen Arten zu verhindern, wird ein länderübergreifendes System von Schutzgebieten (FFH- und Vogelschutzgebiete) geschaffen. Im Kreis Schleswig-Flensburg gibt es derzeit 35 FFH- und 5 Vogelschutzgebiete.